生物制药阀门的控制可采用多种执行方式。在生物制药行业，常用的执行方式为手动与气动，如手动球阀、气动隔膜阀等。阀门可在压力、温度或其他形式传感信号的作用下进行简单的启关动作，也可以通过驱动或者自动机构实现启闭件的升降、滑移、旋摆或回转运动，以调整流道面积来实现阀门的控制功能。工艺系统中所用阀门的尺寸由所需的流量进行确认。
在生物制药用水系统设计中，阀门发挥着非常重要的作用。
1、生物制药阀门既可控制流体的方向、压力和流量，还能使得输送管道、设备内的液体或气体进行流动或停止流动并控制该介质的流量大小；
2、阀门可通过改变通路断面和介质流动方向，发挥其导流、节流、截止、止回、分流或者溢流卸压等作用；
3、阀门可与设备或者装置进行组合，从而实现某种特定的功能。比如生物制品行业的无菌取样，是通过隔膜阀与无菌取样瓶组合设计来实现的。
为了满足工程应用流程中不断变化的需求，越来越多的生物制药阀门类型得到设计及推广。在生物技术领域与制药用水系统中，常常使用不锈钢阀门，因为这些阀门采用无菌设计理念，表面粗糙度可达到0.4μm，执行机构与介质密封分离，尤其在无菌应用中非常广泛。
